Genentech
Joshua Gould, Jose Sergio Hleap Lozano, P. Wu, T. Kudo, J. Guan, A. Zhu, E. Lubeck, X.-Y. M. Ge, A. A. Waterman, T. Biancalani, O. Rozenblatt-Rosen, C. Metcalfe, A. Singh, D. Richmond, A. Regev, Bo Li (2026). SCALLOPS: a scalable, integrated computational framework for Optical Pooled Screens. bioRxiv.
Preprint Code
J. Roels, H. Ghaedi, J. Kancherla, Yiming Yang, R. Ganesan, P. Babu, K. Williams, X. Yao, R. Pradhan, X. Guan, K. Yuen, D. Maddalo, S. Mariathasan, R. Banchereau, Bo Li, A. T. Krishnamurty, H. C. Bravo, S. Müller, A. Dey (2026). The Hippo Pathway Is Dysregulated in Cancer-Associated Fibroblasts in Anti–PD-L1–Resistant Cancer. Cancer Research.
PDF
Brian Orcutt-Jahns*, R. A. R. Hueros*, A. M. Meireles*, C. Cox, L. Ghita, J. Kamm, C. Celen, Yiming Yang, E. Zargari-Pariset, N. Rouzbeh, Y. Zhou, J. Wang, S. Sabri, T. Kudo, P. I. Thakore, D. Richmond, T. Biancalani, H.-J. Kim, P. F. Gherardini, G. P. Schroth, S. J. Turley, O. Rozenblatt-Rosen, H. C. Bravo†, Bo Li†, K. Geiger-Schuller† (2026). Linking live-cell behavior to transcriptional responses across perturbations using dynamic caging. bioRxiv.
Preprint
T. Kudo, A. M. Meireles, R. Moncada, Y. Chen, P. Wu, Joshua Gould, X. Hu, O. Kornfeld, R. Jesudason, C. Foo, B. Höckendorf, H. C. Bravo, J. P. Town, R. Wei, A. Rios, V. Chandrasekar, M. Heinlein, A. S. Chuong, S. Cai, C. S. Lu, P. Coelho, M. Mis, C. Celen, N. Kljavin, J. Jiang, D. Richmond, P. Thakore, E. Benito-Gutiérrez, K. Geiger-Schuller, Jose Sergio Hleap Lozano, N. Kayagaki, F. de Sousa e Melo, L. McGinnis, Bo Li, A. Singh, L. Garraway, O. Rozenblatt-Rosen, A. Regev, E. Lubeck (2025). Multiplexed, image-based pooled screens in primary cells and tissues with PerturbView. Nature Biotechnology.
PDF
Massachusetts General Hospital
Harvard Medical School
A. Subramanian*†, M. Alperovich*, Yiming Yang, Bo Li (2022). Biology-inspired data-driven quality control for scientific discovery in single-cell transcriptomics. Genome Biology.
PDF
T. Ouspenskaia, T. Law, K. R. Clauser, S. Klaeger, S. Sarkizova, F. Aguet, Bo Li, E. Christian, B. A. Knisbacher, P. M. Le, C. R. Hartigan, H. Keshishian, A. Apffel, G. Oliveira, W. Zhang, Y. T. Chow, Z. Ji, I. Jungreis, S. A. Shukla, P. Bachireddy, M. Kellis, G. Getz, N. Hacohen, D. B. Keskin, S. A. Carr, C. J. Wu, A. Regev (2022). Unannotated proteins expand the MHC-I-restricted immunopeptidome in cancer. Nature Biotechnology.
PDF
L. Jardine, S. Webb, I. Goh, M. Q. Londoño, G. Reynolds, M. Mather, B. Olabi, E. Stephenson, R. A. Botting, D. Horsfall, J. Engelbert, D. Maunder, N. Mende, C. Murnane, E. Dann, J. McGrath, H. King, I. Kucinski, R. Queen, C. D. Carey, C. Shrubsole, E. Poyner, M. Acres, C. Jones, T. Ness, R. Coulthard, N. Elliott, S. O’Byrne, M. L. R. Haltalli, J. E. Lawrence, S. Lisgo, P. Balogh, K. B. Meyer, E. Prigmore, K. Ambridge, M. S. Jain, M. Efremova, K. Pickard, T. Creasey, J. Bacardit, D. Henderson, J. Coxhead, A. Filby, R. Hussain, D. Dixon, D. McDonald, D.-M. Popescu, M. S. Kowalczyk, Bo Li, O. Ashenberg, M. Tabaka, D. Dionne, T. L. Tickle, M. Slyper, O. Rozenblatt-Rosen, A. Regev, S. Behjati, E. Laurenti, N. K. Wilson, A. Roy, B. Göttgens, I. Roberts, S. A. Teichmann, M. Haniffa (2021). Blood and immune development in human fetal bone marrow and Down syndrome. Nature.
PDF
T. M. Delorey*, C. G. K. Ziegler*, G. Heimberg*, R. Normand*, Yiming Yang*, Å. Segerstolpe*, D. Abbondanza*, S. J. Fleming*, A. Subramanian*, D. T. Montoro*, K. A. Jagadeesh*, K. K. Dey*, P. Sen*, M. Slyper*, Y. H. Pita-Juárez*, D. Phillips*, J. Biermann*, Z. Bloom-Ackermann, N. Barkas, A. Ganna, J. Gomez, J. C. Melms, I. Katsyv, E. Normandin, P. Naderi, Y. V. Popov, S. S. Raju, S. Niezen, L. T.-Y. Tsai, K. J. Siddle, M. Sud, V. M. Tran, S. K. Vellarikkal, Y. Wang, L. Amir-Zilberstein, D. S. Atri, J. Beechem, O. R. Brook, J. Chen, P. Divakar, P. Dorceus, J. M. Engreitz, A. Essene, D. M. Fitzgerald, R. Fropf, S. Gazal, Joshua Gould, J. Grzyb, T. Harvey, J. Hecht, T. Hether, J. Jané-Valbuena, M. Leney-Greene, H. Ma, C. McCabe, D. E. McLoughlin, E. M. Miller, C. Muus, M. Niemi, R. Padera, L. Pan, D. Pant, C. Pe’er, J. Pfiffner-Borges, C. J. Pinto, J. Plaisted, J. Reeves, M. Ross, M. Rudy, E. H. Rueckert, M. Siciliano, A. Sturm, E. Todres, A. Waghray, S. Warren, S. Zhang, D. R. Zollinger, L. Cosimi, R. M. Gupta, N. Hacohen, H. Hibshoosh, W. Hide, A. L. Price, J. Rajagopal, P. R. Tata, S. Riedel, G. Szabo, T. L. Tickle, P. T. Ellinor^, D. Hung^, P. C. Sabeti^, R. Novak^, R. Rogers^, D. E. Ingber^, Z. G. Jiang^, D. Juric^, M. Babadi^, S. L. Farhi^, B. Izar^, J. R. Stone^, I. S. Vlachos^†, I. H. Solomon^, O. Ashenberg^, C. B. M. Porter^, Bo Li^, A. K. Shalek^†, A.-C. Villani^†, O. Rozenblatt-Rosen^†, A. Regev^† (2021). COVID-19 tissue atlases reveal SARS-CoV-2 pathology and cellular targets. Nature.
PDF
R. A. Ward, G. R. Thompson, A.-C. Villani, Bo Li, M. K. Mansour, M. Wuethrich, J. M. Tam, B. S. Klein, J. M. Vyas (2021). The Known Unknowns of the Immune Response to Coccidioides. Journal of Fungi.
PDF
E. L. Bao, S. K. Nandakumar, X. Liao, A. G. Bick, J. Karjalainen, M. Tabaka, O. I. Gan, A. S. Havulinna, T. T. J. Kiiskinen, C. A. Lareau, A. L. de Lapuente Portilla, Bo Li, C. Emdin, V. Codd, C. P. Nelson, C. J. Walker, C. Churchhouse, A. de la Chapelle, D. E. Klein, B. Nilsson, P. W. F. Wilson, K. Cho, S. Pyarajan, J. M. Gaziano, N. J. Samani, FinnGen, 23andMe Research Team, A. Regev, A. Palotie, B. M. Neale, J. E. Dick, P. Natarajan, C. J. O’Donnell, M. J. Daly, M. Milyavsky, S. Kathiresan, V. G. Sankaran (2020). Inherited myeloproliferative neoplasm risk affects haematopoietic stem cells. Nature.
PDF
Bo Li†, Joshua Gould, Yiming Yang, S. Sarkizova, M. Tabaka, O. Ashenberg, Y. Rosen, M. Slyper, M. S. Kowalczyk, A.-C. Villani, T. L. Tickle, N. Hacohen, O. Rozenblatt-Rosen†, A. Regev† (2020). Cumulus provides cloud-based data analysis for large-scale single-cell and single-nucleus RNA-seq. Nature Methods.
PDF Code
M. Slyper, C. B. M. Porter, O. Ashenberg, J. Waldman, E. Drokhlyansky, I. Wakiro, C. Smillie, G. Smith-Rosario, J. Wu, D. Dionne, S. Vigneau, J. Jané-Valbuena, T. L. Tickle, S. Napolitano, M. Su, A. G. Patel, A. Karlstrom, S. Gritsch, M. Nomura, A. Waghray, S. H. Gohil, A. M. Tsankov, L. Jerby-Arnon, O. Cohen, J. Klughammer, Y. Rosen, J. Gould, L. Nguyen, M. Hofree, P. J. Tramontozzi, Bo Li, C. J. Wu, B. Izar, R. Haq, F. S. Hodi, C. H. Yoon, A. N. Hata, S. J. Baker, M. L. Suvà, R. Bueno, E. H. Stover, M. R. Clay, M. A. Dyer, N. B. Collins, U. A. Matulonis, N. Wagle, B. E. Johnson, A. Rotem, O. Rozenblatt-Rosen, A. Regev (2020). A Single-Cell and Single-Nucleus RNA-Seq Toolbox for Fresh and Frozen Human Tumors. Nature Medicine.
PDF
P. Sen, A. R. Wilkie, F. Ji, Yiming Yang, I. J. Taylor, M. Velazquez-Palafox, E. A. H. Vanni, J. M. Pesola, R. Fernandez, H. Chen, L. M. Morsett, E. R. Abels, M. Piper, R. J. Lane, S. E. Hickman, T. K. Means, E. S. Rosenberg, R. I. Sadreyev, Bo Li, D. M. Coen, J. A. Fishman, J. El Khoury (2020). Linking Indirect Effects of Cytomegalovirus in Transplantation to Modulation of Monocyte Innate Immune Function. Science Advances.
PDF
M. Lavaert, K. L. Liang, N. Vandamme, J. E. Park, J. Roels, M. S. Kowalczyk, Bo Li, O. Ashenberg, M. Tabaka, D. Dionne, T. L. Tickle, M. Slyper, O. Rozenblatt-Rosen, B. Vandekerckhove, G. Leclercq, A. Regev, P. Van Vlierberghe, M. Guilliams, S. A. Teichmann, Y. Saeys, T. Taghon (2020). Integrated scRNA-Seq Identifies Human Postnatal Thymus Seeding Progenitors and Regulatory Dynamics of Differentiating Immature Thymocytes. Immunity.
PDF
Broad Institute of MIT and Harvard
B. J. Haas, A. Dobin, Bo Li, N. Stransky, N. Pochet, A. Regev (2019). Accuracy Assessment of Fusion Transcript Detection via Read-Mapping and De Novo Fusion Transcript Assembly-based Methods. Genome Biology.
PDF
D. M. Popescu, R. A. Botting, E. Stephenson, K. Green, S. Webb, L. Jardine, E. F. Calderbank, K. Polanski, I. Goh, M. Efremova, M. Acres, D. Maunder, P. Vegh, Y. Gitton, J. E. Park, R. Vento-Tormo, Z. Miao, D. Dixon, R. Rowell, D. McDonald, J. Fletcher, E. Poyner, G. Reynolds, M. Mather, C. Moldovan, L. Mamanova, F. Greig, M. D. Young, K. B. Meyer, S. Lisgo, J. Bacardit, A. Fuller, B. Millar, B. Innes, S. Lindsay, M. J. T. Stubbington, M. S. Kowalczyk, Bo Li, O. Ashenberg, M. Tabaka, D. Dionne, T. L. Tickle, M. Slyper, O. Rozenblatt-Rosen, A. Filby, P. Carey, A. C. Villani, A. Roy, A. Regev, A. Chédotal, I. Roberts, B. Göttgens, S. Behjati, E. Laurenti, S. A. Teichmann, M. Haniffa (2019). Decoding Human Fetal Liver Haematopoiesis. Nature.
PDF
J. T. Gaublomme*†, Bo Li*, C. McCabe, A. Knecht, Yiming Yang, E. Drokhlyansky, N. Van Wittenberghe, J. Waldman, D. Dionne, L. Nguyen, P. De Jager, B. Yeung, X. Zhao, N. Habib, O. Rozenblatt-Rosen, A. Regev (2019). Nuclei Multiplexing with Barcoded Antibodies for Single-Nucleus Genomics. Nature Communications.
PDF Code
B. Haas, A. Dobin, N. Stransky, Bo Li, X. Yang, T. Tickle, A. Bankapur, C. Ganote, T. Doak, N. Pochet, J. Sun, C. Wu, T. Gingeras, A. Regev (2017). STAR-Fusion: Fast and Accurate Fusion Transcript Detection from RNA-Seq. bioRxiv.
Preprint Code
University of California, Berkeley
Bo Li, A. Tambe, S. Aviran, L. Pachter (2017). PROBer Provides a General Toolkit for Analyzing Sequencing-Based Toeprinting Assays. Cell Systems.
PDF Code
K. Choudhary, N. P. Shih, F. Deng, M. Ledda, Bo Li, S. Aviran (2016). Metrics for Rapid Quality Control in RNA Structure Probing Experiments. Bioinformatics.
PDF
University of Wisconsin-Madison
X. Zeng, Bo Li, R. Welch, C. Rojo, Y. Zheng, C. N. Dewey, S. Keleş (2015). Perm-seq: Mapping Protein-DNA Interactions in Segmental Duplication and Highly Repetitive Regions of Genomes with Prior-Enhanced Read Mapping. PLoS Computational Biology.
PDF
Bo Li, N. Fillmore, Y. Bai, M. Collins, J. A. Thomson, R. Stewart, C. N. Dewey (2014). Evaluation of de novo Transcriptome Assemblies from RNA-Seq Data. Genome Biology.
PDF Code
B. Haas, A. Papanicolaou, M. Yassour, M. Grabherr, P. D. Blood, J. Bowden, M. B. Couger, D. Eccles, Bo Li, M. Lieber, M. D. MacManes, M. Ott, J. Orvis, N. Pochet, F. Strozzi, N. Weeks, R. Westerman, T. William, C. N. Dewey, R. Henschel, R. D. LeDuc, N. Friedman, A. Regev (2013). De novo Transcript Sequence Reconstruction from RNA-seq using the Trinity Platform for Reference Generation and Analysis. Nature Protocols.
PDF
Bo Li, C. N. Dewey (2011). RSEM: Accurate Transcript Quantification from RNA-Seq Data with or without a Reference Genome. BMC Bioinformatics.
PDF Code
D. Chung, P. F. Kuan, Bo Li, R. Sanalkumar, K. Liang, E. H. Bresnick, C. Dewey, S. Keleş (2011). Discoevering Transcription Factor Binding Sites in Highly Repetitive Regions of Genomes with Multi-Read Analysis of ChIP-Seq Data. PLoS Computational Biology.
PDF Code
Bo Li, V. Ruotti, R. M. Stewart, J. A. Thomson, C. N. Dewey (2010). RNA-Seq Gene Expression Estimation with Read Mapping Uncertainty. Bioinformatics.
PDF

* Contributed equally

^ Senior/Co-senior authors

† Corresponding/Co-corresponding authors