Publications

E. l. bao, S. k. nandakumar, X. liao, A. g. bick, J. karjalainen, M. tabaka, O. i. gan, A. s. havulinna, T. t. j. kiiskinen, C. a. lareau, A. l. de lapuente portilla, Dr. Bo Li, C. emdin, V. codd, C. p. nelson, C. j. walker, C. churchhouse, A. de la chapelle, D. e. klein, B. nilsson, P. w. f. wilson, K. cho, S. pyarajan, J. m. gaziano, N. j. samani, Finngen, 23andme research team, A. regev, A. palotie, B. m. neale, J. e. dick, P. natarajan, C. j. odonnell, M. j. daly, M. milyavsky, S. kathiresan, V. g. sankaran (2020). Inherited myeloproliferative neoplasm risk affects haematopoietic stem cells. Nature.
PDF
Dr. Bo Li, Joshua Gould, Yiming Yang, S. sarkizova, M. tabaka, O. ashenberg, Y. rosen, M. slyper, M. s. kowalczyk, A. c. villani, T. l. tickle, N. hacohen, O. rozenblatt rosen, A. regev (2020). Cumulus provides cloud-based data analysis for large-scale single-cell and single-nucleus RNA-seq. Nature Methods.
PDF
T. ouspenskaia, T. law, K. r. clauser, S. klaeger, S. sarkizova, F. aguet, Dr. Bo Li, E. christian, B. a. knisbacher, P. m. le, C. r. hartigan, H. keshishian, A. apffel, G. oliveira, W. zhang, Y. t. chow, Z. ji, I. jungreis, S. a. shukla, P. bachireddy, M. kellis, G. getz, N. hacohen, D. b. keskin, S. a. carr, C. j. wu, A. regev (2020). Thousands of Novel Unannotated Proteins Expand the MHC I Immunopeptidome in Cancer. bioRxiv.
Preprint
M. slyper, C. b. m. porter, O. ashenberg, J. waldman, E. drokhlyansky, I. wakiro, C. smillie, G. smith rosario, J. wu, D. dionne, S. vigneau, J. jane valbuena, T. l. tickle, S. napolitano, M. su, A. g. patel, A. karlstrom, S. gritsch, M. nomura, A. waghray, S. h. gohil, A. m. tsankov, L. jerby arnon, O. cohen, J. klughammer, Y. rosen, J. gould, L. nguyen, M. hofree, P. j. tramontozzi, Dr. Bo Li, C. j. wu, B. izar, R. haq, F. s. hodi, C. h. yoon, A. n. hata, S. j. baker, M. l. suva, R. bueno, E. h. stover, M. r. clay, M. a. dyer, N. b. collins, U. a. matulonis, N. wagle, B. e. johnson, A. rotem, O. rozenblatt rosen odagger, A. regevdagger (2020). A Single-Cell and Single-Nucleus RNA-Seq Toolbox for Fresh and Frozen Human Tumors. Nature Medicine.
PDF
P. sen, A. r. wilkie, F. ji, Yiming Yang, I. j. taylor, M. velazquez palafox, E. a. h. vanni, J. m. pesola, R. fernandez, H. chen, L. m. morsett, E. r. abels, M. piper, R. j. lane, S. e. hickman, T. k. means, E. s. rosenberg, R. i. sadreyev, Dr. Bo Li, D. m. coen, J. a. fishman, J. el khoury (2020). Linking Indirect Effects of Cytomegalovirus in Transplantation to Modulation of Monocyte Innate Immune Function. Science Advances.
PDF
M. lavaert, K. l. liang, N. vandamme, J. e. park, J. roels, M. s. kowalczyk, B. li, O. ashenberg, M. tabaka, D. dionne, T. l. tickle, M. slyper, O. rozenblatt rosen, B. vandekerckhove, G. leclercq, A. regev, P. van vlierberghe, M. guilliams, S. a. teichmann, Y. saeys, T. taghon (2020). Integrated scRNA-Seq Identifies Human Postnatal Thymus Seeding Progenitors and Regulatory Dynamics of Differentiating Immature Thymocytes. Immunity.
PDF
B. j. haas, A. dobin, Dr. Bo Li, N. stransky, N. pochet, A. regev (2019). Accuracy Assessment of Fusion Transcript Detection via Read-Mapping and De Novo Fusion Transcript Assembly-based Methods. Genome Biology.
PDF
D. m. popescu, R. a. botting, E. stephenson, K. green, S. webb, L. jardine, E. f. calderbank, K. polanski, I. goh, M. efremova, M. acres, D. maunder, P. vegh, Y. gitton, J. e. park, R. vento tormo, Z. miao, D. dixon, R. rowell, D. mcdonald, J. fletcher, E. poyner, G. reynolds, M. mather, C. moldovan, L. mamanova, F. greig, M. d. young, K. b. meyer, S. lisgo, J. bacardit, A. fuller, B. millar, B. innes, S. lindsay, M. j. t. stubbington, M. s. kowalczyk, Dr. Bo Li, O. ashenberg, M. tabaka, D. dionne, T. l. tickle, M. slyper, O. rozenblatt rosen, A. filby, P. carey, A. c. villani, A. roy, A. regev, A. chedotal, I. roberts, B. gottgens, S. behjati, E. laurentidagger, S. a. teichmanndagger, M. haniffadagger (2019). Decoding Human Fetal Liver Haematopoiesis. Nature.
PDF
J. t. gaublomme, Dr. Bo Li, C. mccabe, A. knecht, Yiming Yang, E. drokhlyansky, N. van wittenberghe, J. waldman, D. dionne, L. nguyen, P. de jager, B. yeung, X. zhao, N. habib, O. rozenblatt rosendagger, A. regevdagger (2019). Nuclei Multiplexing with Barcoded Antibodies for Single-Nucleus Genomics. Nature Communications.
PDF
Dr. Alex Johnson (2019). An example preprint / working paper.
Preprint Code Slides Dataset Poster Source Document Video Custom Link Preprint